La Segretaria Nazionale rappresenta ed esprime l'unità dell'Associazione e ne esercita il coordinamento politico e organizzativo. 

La   Segreteria   Nazionale   è   organo   esecutivo dell’associazione.  

È composta da un minimo di tre ad un massimo di cinque  membri,  escluso  il  Segretario ed  il Rappresentante dei dottorandi in seno al Consiglio nazionale degli  Studenti  Universitari.

Della Segreteria nazionale deve obbligatoriamente far parte  un  Responsabile  dell’organizzazione,  al quale è affidato il censimento annuale delle realtà territoriali  e  degli  iscritti,  l’amministrazione  e  le politiche di finanziamento.