La Segretaria Nazionale rappresenta ed esprime l'unità dell'Associazione e ne esercita il coordinamento politico e organizzativo.
La Segreteria Nazionale è organo esecutivo dell’associazione.
È composta da un minimo di tre ad un massimo di cinque membri, escluso il Segretario ed il Rappresentante dei dottorandi in seno al Consiglio nazionale degli Studenti Universitari.
Della Segreteria nazionale deve obbligatoriamente far parte un Responsabile dell’organizzazione, al quale è affidato il censimento annuale delle realtà territoriali e degli iscritti, l’amministrazione e le politiche di finanziamento.